在《第二次超级机器人大战》中，存在一些隐藏要素，以下是其中一些主要的隐藏要素：
隐藏机体
ﾌｫﾙﾃギガｽ：在47话“ﾄｰﾁｶ奇袭”中，ジｮｯｼｭ和ﾘﾑ的击坠数需在70以上，且两人不能参与战斗，6回合内到达指定地点入手本关SR。此外，48话中这些条件达成后，机体可取得追加武器。
Gｱｰﾏｰ：在2话“策略的町”中，ｱﾑﾛ到达地图横41，纵01的仓库，会发现凯，但他因胆小不会参战。过关后就能得到Gｱｰﾏｰ。
ｻｲｺガﾝダﾑMk-Ⅱ：在19话“月面の死闘”中，用プﾙ和她战斗并被她击落，前者永久离队。
隐藏武器与芯片
T-LINKｾﾝｻｰ和 Gﾃﾘﾄﾘｰ：在21话“黒焔の狩人”中，全部我方角色每人击破2机以上（组队时sub角色击破的不算，必须是单人或者组队时的main角色击破才算）。
ねじりﾊﾁﾏｷ：在35话“漆黒の虎、氷の白刃”中，让ブﾘｯﾄ说得虎王机，可入手芯片。
勇者の印：在37话中，ﾐﾁﾙ击破至少3只迅雷量产型，可入手高性能電子頭脳。
ﾊﾛ：在48话“夜明けの鐘”中，ﾛｯｸｵﾝ的击坠数在70以上，过关后提示获得。
ﾕグドﾗｼﾙドﾗｲブ：在33话“天を突く命”中，ｽザｸ的击坠数在40以上，过关后提示获得。
重力步枪：在45话中，英格在我方回合时攻击艾古雷塔2次以上，且由英格作为主机击坠艾古雷塔，过关后入手。
隐藏角色加入
ゲｯﾀｰQ & 早乙女ﾐﾁﾙ：在4话“謀略の町”中，保证敌方立场的ﾐﾁﾙ生存3回合以上，就会变成我方npc，保证她生存至过关后就会加入，会进入宇宙路线。
ｶﾃジﾅ･ﾙｰｽ：ﾐﾁﾙ加入后，她不会敌对，会默认在以后话数加入。
ｴﾙﾒｽ &ﾗﾗｧ：在宇宙路线第7话“光る宇宙”中，击落ｼｬｱ后用ｱﾑﾛ说得ﾗﾗｧ，过关后ｴﾙﾒｽ入手。第16话“宇宙へ･･･”中，ｼｬｱ和ｱﾑﾛ战斗，过关后ﾗﾗｧ加入。
ﾒｶ胡蝶鬼 & 胡蝶鬼：在8话“敵要塞を破壊せよ!”中，ﾒｶ胡蝶鬼的HP在1/3以下时，竜馬说得胡蝶鬼，即时加入。
ﾐﾈﾙバX：在胡蝶鬼没有加入的情况下，第9话“ﾏ･ｸベの罠”中，甲児说得ﾐﾈﾙバX即时加入。
其他隐藏要素
破界篇 機動戦士ガﾝダﾑ00：第48话“夜明けの鐘”中让ピｰﾘｽ和ｱﾚﾙﾔ发生战斗，战斗后两者都生存的场合下发生剧情，ｱﾚﾙﾔ强化。
敌人变更：在20话“砂塵に舞う悪意”中未击坠增援的ジｮｼｭｱ过关，第48话“夜明けの鐘前篇”中一机GN-X的驾驶员变为ジｮｼｭｱ。
装甲騎兵ボﾄﾑズ：在39话“ザ·ﾗｽﾄﾚｯドｼｮﾙダｰ”中，ｷﾘｺ、バｰｺﾌ、ｺﾁｬｯｸ、ゴダﾝ、ザｷ每人至少击坠1机敌人，后半话中出现的ｲプｼﾛﾝ由ｷﾘ
